TCGA前列腺癌临床数据资源全面介绍---前列腺癌研究领域的全谱！

2006年，乳肺乳癌原核生物学由此可知谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）蓝图以多形持续性粒状母蛋白疣（GBM）、肺上皮细胞蛋白乳癌（LUSC）和卵巢浆液持续性囊肺乳癌（OV）开始为时3年的示范这两项，2009年~2015年全面性作准备。到这两项年末，TCGA因特网研究者工用上者已描绘了33种乳肺乳癌型式10,000余事例症状的小分子构造，并界定了很多小分子得病毒性。TCGA包含的临床者关键构造代详见者泛化的数据源搜集。为确保错误用以这些具原核生物学构造的海量临床者数据源，不想像中可能TCGA完成一批重大成果，发详见在CellPress旗下的学报。

本文对4年初5日发详见Cell上的一文开展编译。文章说明了以OS（总肉食动物期）、PFI（无重大突破之每条）、DFI（盖因之每条）和DSS（哮喘无关活）为四个主要临床者结果起始站的TCGA泛乳肺乳癌临床者数据源资源（TCGA-CDR）简化数据源库，并所述了每种乳肺乳癌型式的起始站用以同意。TCGA临床者数据源可从原核生物学数据源共享空之间（GDC）门户网站App，所有的小分子数据源在App。临床者数据源和小分子数据源用以同样的标记结构上，便于症状的临床者资料和抽取小分子数据源建构。

TCGA泛乳癌数据源库缓冲区构造

由此可知1A为临床者数据源建构和一原理及4个主要临床者起始站衍生和评估的如由此可知所示,对33份初始已登记和97份早先数据源文件，共33种乳肺乳癌型式111,60事例乳肺乳癌症状的资料开展了处理。详见1为每个TCGA缓冲区的基本构造。按原发抽取根据小分子构造选上每个缓冲区，指甲卵巢乳癌（SKCM）的原发和移往灶两种型式都有，其它极少数的原发与移往型式也有研究者。

由此可知1. 临床者数据源建构和一原理及4个主要临床者起始站衍生和评估如由此可知所示

详见1. TCGA 泛乳癌缓冲区构造

临床者结果起始站OS、PFI、DFI和DSS

总肉食动物期（OS）很举足轻重，优点是界定OS重大事件时模糊持续性最高。但用以OS用上起始站确实削弱临床者研究者，因为非乳癌临终时因不一定能解读显露生物学学、来袭持续性或对治疗法缓解。用以OS或无需格外长的随访时之间；很多临床者试验里面，上会采用比较随访时之间较短的DFI或PFI。针对原有TCGA临床者数据源，要预见间歇临床者随访之每条在来袭持续性乳肺乳癌型式结果的举足轻重持续性，因为确实几年内就检视到临床者重大事件，在失踪前所已显露现得病情住院或重大突破。对来袭持续性较弱的乳肺乳癌型式，症状在数十乃至几十年后住院，随访期之间确实难以检视足以重大事件以默许确实结果外推断。该比对的用意是健康检查TCGA泛乳癌临床者检测的比较优势和不足，他的学生无论如何的比对和避免随访之每条时之间不足等缺失。

比对全部TCGA临床者数据源后，结论如下：在数据源可获得时，OS、PFI及DFI比较可靠，但同样意味着仅仅至少DSS。由此可知1B为33种完全相同乳肺乳癌型式的OS K-M弧线。尽管肉食动物比对不是TCGA主要尽可能，同样乳肺乳癌型式肉食动物弧线与现在评估相同肉食动物起始站的实质上研究者不尽相同，GBM、OV（2008, 2011）和高层次粒状疣（LGG）（2015）的TCGA结果就是比较好事例证。PFI、DFI和DSS的K-M弧线见由此可知1C–1E。

由此可知1 B-E临床者数据源比对

基于每种乳肺乳癌型式4个起始站的检视时之间计算高达随访时之间及重大事件或健康检查的里面位时之间（详见2）。所有的里面位随访时之间为22.1个年初，但完全相同型式乳肺乳癌该时之间反之亦然异极大；GBM和急持续性髓系白血得病（LAML）最短达12个年初，而肾嫌色蛋白乳癌（KICH）最长达48个年初。

详见2 大体上里面位随访时之间及4个起始站的重大事件与检视里面位时之间

破事例用以的临床者结果起始站

临床者结果起始站考虑一般来说研究者尽可能、重大事件无需求量、缓冲区大小和结果数据源能量密度。将这些新方法和开发的其它新方法用上为对单个哮喘数据源库的试验中和足量健康检查，所述在每种哮喘型式里面用以每个结果起始站的同意及原因（详见3）。每种乳肺乳癌型式的肉食动物起始站所无需大概通过一个主要试验中和足量健康检查才被接受。33种乳癌里面的13种用以全部4个起始站：膀胱尿路上皮乳癌（BLCA）、卵巢上皮细胞蛋白乳癌（CESC）、结肠乳癌（COAD）、食管乳癌（ESCA）、鳞状上皮细胞蛋白乳癌（HNSC）、肾状蛋白乳癌（KIRP）、肺肺乳癌（LUAD）、LUSC、OV、胰肺乳癌（PAAD）、肉疣（SARC）、胃肺乳癌（STAD）和内膜内膜乳癌（UCEC）。相反，难以一个起始站的有嗜铬蛋白疣和副骨骼肌疣（PCPG）。黏膜散发大B蛋白黏膜疣（DLBC）、LAML和胸腺疣（THYM）仅仅一个起始站；全数乳肺乳癌型式2或3个起始站，但其里面一些持保留意见。最确实的是PFI，可无保留地破事例给除LAML（无数据源）、DLBC和KICH（慎重用以）和PCPG（不破事例）除此以外的4种。

详见3 起始站OS,PFI,DFI及DSS的评估与破事例用以

证明TCGA-CDR及近来应用领域

在乳肺乳癌研究者里面，雌激素ER阴持续性症状临床者肉食动物期得病状比ER+症状反之亦然。分别用OS、PFI、DFI和DSS远比较这两类症状的肉食动物期（由此可知3A–3D；弧线年末于10年随访时之间，但用以整个数据源库开展比对）。单状况比对说明了，用以PFI（p= 0.005）和DFI（p = 0.001）用上为临床者起始站，TCGA里面ER+乳肺乳癌症状比ER-症状有格外多的肉食动物期，但用以OS时两类症状之间不普遍存在反之亦然异(p = 0.097) 。此除此以外，两类症状的DSS（p = 0.009）有格外加大反之亦然异，声称DSS的潜在价差值。以上发掘显露确认了PFI和DFI是特定型式乳肺乳癌小分子研究者的合适起始站。

由此可知3 证明和应用领域实事例

此除此以外还证明了来袭持续性GBM肉食动物结果起始站。TCGA里面GBM里面位OS为12.6个年初，介于即便如此华盛顿邮报的标准规范治疗法的12.1个年初和标准规范治疗法联合替莫唑胺的14.6个年初之间。里面位PFI是6.1个年初，介于即便如此华盛顿邮报的标准规范治疗法5个年初和标准规范治疗法联合替莫唑胺的6.9个年初之间。显然，TCGA数据源库OS和PFI重大事件时之间与巨著料相符。随即佐证OS和PFI用上为GBM小分子研究者的临床者起始站效度。

用Cox%高风险重返三维确定高期（III、IV期）比较高期（I、II期）乳肺乳癌症状的高风险比（HR），证明4个起始站的TCGA-CDR数据源。由于DFI界定与其它结果的界定不相符，对破事例用以OS、PFI和DSS的14种型式乳肺乳癌远比较logHR（详见3）。随后仅仅对做到Cox%高风险论点的哮喘开展统计（由此可知3E–3G）。结果声称，14种型式乳肺乳癌里面，除之间皮疣（MESO）、PAAD和葡萄膜卵巢乳癌（UVM）除此以外，高期对比高期HR在3个破事例起始站OS、PFI及DSS上相对来说偏高。采用相加抽取的Wilcoxon秩和检验，当用以PFI与DSS（p = 0.0008）或PFI与OS（p = 0.039）测时，logHR有格外加大反之亦然异，说明了哮喘重大突破和肉食动物起始站在HR上普遍存在系统偏反之亦然；OS与DSS之间难以格外加大反之亦然异（p = 0.106）。对2个logHR差值的标准规范误开展变加权高达确定Pearson无关系数， 由logHR至少的3种结果有极格外加大正无关：PFI和OS无关系数0.96（95%置信区之间[CI]：0.77–0.99），PFI和DSS为 0.95（95%置信区之间：0.76–0.99），OS和DSS为0.90（95%置信区之间：0.61–0.98）。这些差异持续性潜在默许临床者早期用PFI，晚期用OS和DSS来用上起始站。

除了建构小分子数据源，还无论如何比对首次治疗法后无肺得病与非无肺得病到底显露现完全相同的新重大事件。TCGA-CDR里面29类乳肺乳癌的资讯用以化解该问题，纳入症状从诊疗到完成首治并降到盖因状态大概活3个年初。以LUSC为事例，有289事例无肺得病和41事例长期非无肺得病，NTE率分别为21.8%和68.2%。用Cox%高风险重返三维，发掘显露在非无肺得病里面NTE高风险格外加大高于无肺得病（HR = 6.68，95% CI = 4.25–10.51，FDR优化q差值＜0.05）。在另除此以外21种乳肺乳癌型式里面也有类似结果（详见4）。余下7种里面难以检视到这些反之亦然异。我们也在评估到底每个三维都做到%高风险论点，其里面有两个不适用，所无需研究者时之间依赖及多变量三维来寻找原因。

详见4 非盖因与无肺得病NTE发展对比

TCGA从在世界上数百个接入搜集发生率，为化解临床者数据源完全相同接入之间的可比持续性，无需考虑数据源完整持续性、和症状构造等。对每种哮喘而言，我们对比了前所两名提外者发生率数最多的组织比如说接入（TSS）与所有其它TSS的同种哮喘及4个结果起始站（详见5）。

详见5 对来自前所两位TSS的每个乳肺乳癌型式研究者结果开展远比较

对于GBM等不亚于来袭持续性的，前所两位TSS（#1和#2）的发得病群体与其它TSS远比类似的有OS、PFI和DSS，因重大事件想像中少很难比对不破事例DFI来用上起始站。BRCA等较高来袭持续性，压制破事例用以PFI和DFI，但同意慎重用OS或DSS评估。TSS #1的临床者数据源归因于不想像中好的OS和DSS，但难以检视到PFI反之亦然异；另除此以外，微小上TSS#1有格外多的DFI结果，仅仅显露现3事例 DFI重大事件。这种详见里不一的现象声称该接入的结果数据源无需全面性评估。另一层面，TSS #2的4个起始站结果与其它地方相符。

这个最简单的结果远比较声称，当从特定结果比对基本TCGA的临床者数据源时，所无需考虑TSS的完全一致的资讯。由于比率、分期/分级及治疗法等状况影响完全相同TSS患得病群体的起始站结果，TSS可以用上为这些和不完全临床者评注等其它未测反之亦然异的替代。

潜在的或多或少状况、公平竞争结果的

高风险及三维论点

对临床者肉食动物起始站比对来说，同意用以所处理的全部临床者数据源。但远比小分子/原核生物学数据源的建构比对，要同样两个层面。首先，破事例意见基于基线肉食动物三维，以小分子得病毒性用上比对q划分抽取集，有确实破坏结果统计的格外加大持续性反之亦然异。因此，从互无关联的TCGA小分子数据源或得病毒性TCGA-CDR结果数据源里面得显露的结论无需在实质上的数据源库里面全面性确认。

第二，我们同意仅仅用以原发的小分子数据源，因为症状初诊时，举足轻重时之间的资讯等比如说的临床者数据源已搜集比较完整。指甲卵巢乳癌（SKCM）在TCGA型式里面格外加特殊，470事例里面仅仅103事例原发，其余296事例为原发局部黏膜结移往，68事例远距移往。这与相当多搜集到移往疣的其它TCGA乳肺乳癌型式形成鲜明对比。SKCM移往疣相当多较强比如说的原发，而其它TCGA乳肺乳癌型式尽管相当多有移往疣，但都较强比如说的原发抽取。因此，对于SKCM结果的差异持续性，同意只用以可用无需求量的原发发生率，尽管SCKM黏膜结移往的III期发生率可用上为实质上组群开展研究者。

在用以新建构的TCGA-CDR数据源库时，还所无需同样：潜在混淆状况、公平竞争结果的高风险及三维论点。

或多或少状况

或多或少状况普遍存在但被排除在三维之除此以外时，偏反之亦然确实高估或高估真实。如在乳肺乳癌的种族反之亦然异研究者里面，印第安人与有色人种症状之间普遍存在举足轻重的介导反之亦然异，然而根据小分子得病毒性开展优化后，这种反之亦然异格外加大大大提高甚至变成。治果也是潜在的或多或少状况，当的资讯可换取时应适当考虑优化。治疗法未知时，比率、诊治医务人员及诊疗月份等标准规范治疗法用上为替代的资讯能大大提高其余部分误反之亦然。对这层面的决策构建，鼓励用以；也得病状研究者同意研究者报告（REMARK）。

公平竞争结果的高风险

测定DSS、DFI和PFI起始站时，要对难以经历举足轻重重大事件且盖因的失踪症状开展审查。在这种意味着，如果论点症状难以其它临终时因，那她/他最终仍确实临终时于乳肺乳癌指征。然而，在至少治疗法等比对q对继发持续性乳肺乳癌或心血管哮喘等非标准普尔乳肺乳癌失踪高风险的比对能力时，该论点并不亦然。

三维论点

应用领域Cox%高风险（PH）三维才会健康检查PH论点。除少数近来除此以外，大同样三维都做到Cox PH论点，但无需全面性探索这些美国疾得病控制与预防中心以找显露违背论点的原因，从而对HR来用上显露格外准确的至少。尽管不太可能为清理数据源和化解问题付显露了不小努力，但仍普遍存在举足轻重的用以允许，访问TCGA临床者数据源都才会了解这些允许。

首先，TCGA主要是为小分子研究者设计，最初发生率考虑来自多个机构较强合适储藏组织的未治疗法原发发生率，因此这些发生率不构成连续持续性。此除此以外，对于每种完全相同型式/研究者，随访数据源难以统一搜集。同时，临床者数据源搜集的一些规则在现在只好随着时之间的很长而改变。TCGA - CDR不包含乳肺乳癌治疗法巨著，并非所有发生率都被评注。因此，比对特定型式或得病毒性的治疗法背景优于各地区持续性泛乳癌比对。当症状开展完全一致治疗法时，受益能用DFI和PFI起始站有效比对。

其次，TCGA抽取临床者随访根据当地医疗机构的时之间详见，确实为哮喘或特定肺脏的住院和得病人举足轻重一个人状态的历巨著记录，因此难以TCGA选定的临床者随访蓝图，仅仅所述这两项主要强调的小分子构造。

最后，完全所有TCGA获得的抽取和原核生物学及小分子数据源来自新诊症状原发的单个切片，由此归因于的原核生物学和小分子数据源不能在空之间或时之间任何层面一致捉到代详见者另一症状结果变量的异质持续性。该问题不是TCGA有别于的，任何静态原发持续性研究者都普遍存在。

展望

这项工用上是当今世界第一次全面性系统地处理TCGA泛乳癌临床者资料。由此归因于的TCGA-CDR的结果起始站与实质上非TCGA研究者结果相符，说明该资源在空前所无需求量的临床者尺度上提外者了生物学观测者新视角。也要预见TCGA-CDR的内在用以局限持续性及关键持续性他的学生和破事例意见。不太可能格外加仅仅只是，人类哮喘更全面性大无需求量的小分子研究者才会系统地搜集临床者得病理、治疗法和代管重大事件数据源，以坚信最高标准规范的临床者研究者。尽管有其局限持续性，TCGA-CDR提外者了简化数据源库，以及清晰的4个临床者结果起始站导显露，并化解了能量密度问题，从而在泛乳癌和生物学体水平上开展转化研究者。更全面性数据源研究者的融入将大大提高结果之间的可比持续性，格外多地表述和默许反复。

请注意

An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics